製薬会社の研究職といえば、新薬の候補となる新規化学物質の探索と、その化学物質を動物や培養細胞を用いて効能や毒性を確認する仕事です。
各企業での基準を満たす物質が見つかると、GLPに基づく薬理試験、毒性試験が実施されます。
また、有望な物質を薬としてより有効に、より安全に使用するためには、適切な剤形を選択することが必要であり、新しい技術（DDS:薬物送達システム）を開発するなど、製剤に関する研究は重要です。
多くの食品会社や化学メーカーが医薬品の研究を行っていますが、この製剤技術こそが製薬会社たる技術です。
製薬企業は生き残りをかけて競争が激化しており、新薬候補を見つける作業も効率性が問われており、スピードとコストが重視されています。
かつては、個人的な興味での研究を片手間にさせてくれ研究員の創造力を育み、それが新しい創薬に結びつくと考えられた時代もありましたが、現在ではそういうことは少なくなり、いかにシステマティックに効率良くコストを抑えて目的に到達するかが考えられています。
いわゆる成果主義です。
外資系製薬企業の場合は、日本国内の研究施設は閉鎖されていき、現在ではほとんどありませんし、今後も閉鎖されていくでしょう。
世界有数のグローバル企業でも、研究拠点の数は限られています。
国内の製薬会社でも、新規化合物の探索は独自には行わず、探索の専門企業を子会社として傘下に入れたり（M＆A）、提携したりして、基礎研究にかける時間的なコスト負担を減らし、効率よく臨床開発に進めるよう努めるようになりました。
近年はバイオやゲノムによる創薬技術に特化しているベンチャー企業との提携や共同開発が増える傾向にあります。
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個人的見解
研究職というと理系のエリートというイメージがあると思います（ありませんか？）。
せっかく理系に進学したから、大学院にまでいったのだから、ということでとりあえず経験しておきたいと希望する人も少なくないと思います。
逆に、研究職に就けなかった場合に、劣等感を感じる人もいると思います。
私の同級生らにも、『研究が好きで研究を続けていきたい』というよりも、『営業や他の仕事をするのが嫌だから』という理由で研究職で就職したひとは結構います。
ただ、研究職で入社しても、そのままずっと研究部門に在籍していけるかどうかはわかりません。
センスがない、知恵が出尽くした、これ以上の成長が望めない、上司と合わない、となると他部門への人事異動は十分あります。
また、いざ入社してみると安全性で毒性の研究だったが、大量に動物を殺していくことに耐えられなくなって異動を願い出たり、転職したという人も周りに結構います。採用試験のときから安全性試験のチームだとわかっていて入社しても耐えられない人もよくいるようです。
まあ、使用する動物の数が学生の時の比じゃないと思うので、気持ちはわかりますが。
新卒で研究部門に入社したとしても、いつまでいられるかはわかりません。
製薬メーカーの会社員になる以上、人事異動があるものと考えておくべきでしょう。